高效空氣過濾器結構又有無隔板和有隔板之分。無隔板主要采用熱溶膠作為濾芯的分隔物，便于機械化生產。加之其具有體積小、重量輕、便于安裝、效率穩定、風速均勻的優點，潔凈廠房所需的大批量的過濾器多采用無隔板結構。有隔板高效，多采用鋁箔、紙做成折疊狀作為濾芯分隔物，形成空氣通道。分隔板有采用優質牛皮紙，熱滾壓成形或采用膠版紙作分隔板。多采用雙面上膠的銅版紙作分隔板，主要目的是為了防止分隔板受冷熱干濕的影響發生收縮，從而散發微粒。但 ，在溫濕度發生變化時，這種隔板紙可能會有較大顆粒散發，從而造成潔凈廠房潔凈度測試不合格。(已有幾次客戶關于這方面的投訴)所以，對于潔凈度要求較高的場所，應推薦客戶使用無隔板高效空氣過濾器。國外的有隔板過濾器的價格要高于無隔板價格，所以國外使用有隔板的場所較少。此外，與有隔板過濾器的矩形通道相比，無隔板過濾器的V形通道進一步改善了容塵的均勻性，延長了使用壽命。通風用無隔板過濾器可避免使用金屬部件，易于廢棄處理，符合日益嚴格的環保要求。除了某些耐高溫和高安全性要求的特殊場合，無隔板過濾器均可取代有隔板過濾器。
